Con la Risposta n. 171/2026, l'Agenzia delle Entrate si è pronunciata su un'operazione straordinaria dai profili tecnici particolarmente intrecciati: la fusione per incorporazione di una società semplice agricola in una Fondazione Ente del Terzo Settore. Il caso è interessante non solo per l'esito, ma soprattutto per il metodo di ragionamento adottato dall'Amministrazione finanziaria, chiamata ad applicare la disciplina fiscale delle fusioni — pensata per le imprese commerciali — a soggetti che, per statuto o natura, imprese non sono.

Il caso: una tenuta agricola tra donazione, affitto d'azienda e fusione

Una Fondazione, iscritta al RUNTS come Ente del Terzo Settore, deteneva la partecipazione di controllo in una società semplice agricola, ricevuta anni prima in donazione insieme all'intento di trasferire alla Fondazione una tenuta di rilevante valore paesaggistico e culturale. Nel tempo, la società semplice aveva concesso in affitto l'intera azienda agricola a un altro operatore, cessando di fatto ogni attività propria e sospendendo, pur senza formale comunicazione, la propria partita IVA.

Dopo che il socio di minoranza aveva ceduto la propria quota alla Fondazione, questa era rimasta l'unica socia della società semplice, aprendo la strada a una fusione per incorporazione: un'operazione che avrebbe fatto confluire stabilmente nel patrimonio della Fondazione tutti gli immobili della tenuta, funzionali al perseguimento delle finalità statutarie dell'ente. Su questa operazione la Fondazione ha posto tre quesiti all'Agenzia: cosa accade ai fini delle imposte dirette, ai fini IVA e ai fini delle imposte di registro, ipotecaria e catastale.

Imposte dirette: la neutralità della fusione non è automatica

Il principio generale, fissato dall'articolo 172 del TUIR ed esteso dall'articolo 174 anche alle fusioni di enti diversi dalle società, è quello della neutralità fiscale: la fusione non genera di per sé plusvalenze o minusvalenze imponibili. Questo principio, ricorda però l'Agenzia richiamando la propria prassi, presuppone un sistema di rilevazione dei valori "tipico della tassazione in base al bilancio", proprio di chi svolge attività d'impresa commerciale — presupposto che una società semplice, per sua natura, non soddisfa mai (articolo 2249 del Codice civile).

L'Agenzia introduce quindi una distinzione operativa che vale la pena tenere a mente in casi analoghi: se i beni della società semplice confluiscono, per effetto della fusione, nella sfera commerciale eventualmente esercitata dall'ente incorporante, si applica per analogia la disciplina del conferimento (articolo 171, comma 2, TUIR), con emersione di una plusvalenza tassabile al valore normale. Se invece i beni confluiscono nell'attività non commerciale dell'ente incorporante — restando, come nel caso di specie, funzionali all'azienda agricola condotta in affitto da un terzo — l'operazione resta fuori dal regime d'impresa e non genera plusvalenze imponibili ai sensi dell'articolo 67 del TUIR, con i beni che mantengono in capo all'incorporante lo stesso costo fiscale che avevano presso la società incorporata.

IVA: rileva l'attività effettivamente svolta, non la forma societaria

Sul fronte IVA, l'Agenzia ribadisce un principio consolidato: una società semplice è soggetto passivo IVA solo se e nella misura in cui svolge effettivamente un'attività agricola o commerciale, mai per il solo fatto di gestire un patrimonio. Nel caso esaminato, avendo la società semplice concesso in affitto l'intera azienda e non svolgendo più alcuna attività agricola propria, l'Agenzia conclude che l'operazione di fusione sia fuori campo IVA per carenza del presupposto soggettivo in capo alla società incorporata — a prescindere, quindi, dall'esclusione specifica prevista per le fusioni dall'articolo 2 del Decreto IVA, che in questo caso non è nemmeno necessario invocare.

Registro, ipotecaria e catastale: il beneficio degli Enti del Terzo Settore

Infine, in virtù del principio di alternatività tra IVA e imposta di registro, l'operazione sconta l'imposta di registro. Qui interviene un beneficio specifico per gli ETS: l'articolo 82, comma 3, del Codice del Terzo Settore prevede l'applicazione in misura fissa delle imposte di registro, ipotecaria e catastale per fusioni, scissioni e trasformazioni poste in essere da enti del Terzo Settore, con una finalità dichiaratamente equiparativa rispetto al trattamento riservato alle analoghe operazioni societarie. Poiché la Fondazione incorporante mantiene la qualifica di ETS anche dopo la fusione, l'Agenzia conferma l'applicabilità del regime di favore.

Perché conta per chi redige atti di fusione e riorganizzazioni con ETS

Il caso è un promemoria prezioso per chi si trova a strutturare operazioni straordinarie che coinvolgono società semplici, patrimoni immobiliari di pregio ed enti del Terzo Settore: l'esito fiscale non dipende soltanto dalla forma giuridica dei soggetti coinvolti, ma dalla natura — commerciale o meno — dell'attività a cui i beni sono effettivamente destinati, sia prima sia dopo l'operazione. Una ricostruzione accurata della storia dell'azienda, dei contratti di affitto in essere e della destinazione futura dei beni è quindi un passaggio che precede, e condiziona, la redazione dell'atto di fusione.

— La Redazione, 29 settembre 2026